خاستگاه فراماسونری، اصول اعتقادی الحادی است. این نکتهای است که میتوان آن را از مفاهیم و علائم پنهان فراماسونری به دست آورد. به همین سبب، اصول آن با مذاهب توحیدی در تعارض است. «مایکل هاوارد»، مورخ آمریکایی در نوشته محرمانهای مربوط به ماسونهای عالیرتبه، به دلایل انتقاد مسیحیت از فراماسونری پرداخته و مینویسد:چرا مسیحیت، منتقد فراماسونری است؟ پاسخ این سؤال در «رموز» فراماسونری نهفته است.
اگر این رموز در دسترس عموم قرار گیرد، برای کسانی که از فلسفة آن مطلع نیستند، قابل درک نخواهد بود. در حقیقت احتمال اینکه بسیاری از اعضای لژها نیز معنای رموز را درک کنند، پایین است. در محفل درونی فراماسونری، در میان کسانی که به درجات بالای سازمان رسیدهاند، ماسونهایی وجود دارند که خود را وارثان سنت کهن و متعلق به دوران پیش از میلاد میدانند که از اعصار پیشین به تواتر به آنها منتقل شده است.